明军有些将士听说荷兰人的大炮厉害，有点害怕。郑成功把自己乘坐的福船排在前面，鼓励将士说：“荷兰人的红毛火炮没什么可怕，比我们的新式神武火炮差远了。”
郑成功的舰队横越台湾海峡，陆续到达台湾附近的澎湖群岛。
登岛后，郑成功到各岛巡视，认为攻打台湾，澎湖是重要据点，在军事上很重要，遂令四位将领留守，自己率军继续东征。
澎湖到台湾虽然只有五十多海里，但如遇逆风，就十分困难，郑成功率军驶抵柑橘屿海面时，突然刮起大暴风，大明的舰队只好返回澎湖。
因大风不止，明军携带的粮食已所剩无几。如果无限期停驻澎湖候风，不仅会影响军心，更重要的是不能按预定日期开进鹿耳门港。
根据郑成功事先的调查，要顺利进入鹿耳门，必须利用每月初一日和十六日的大潮，如错过时机，就要向后推迟半个月。
在这种情况下，郑成功当机立断，决定进行强渡。一些将领鉴于风大浪险，力劝郑成功不要贸然从事，要求暂缓开航。郑成功果断地说：“冰坚可渡，天意有在。不然，我大明官兵岂堪坐困斯岛受饿也。”
郑成功亲自率舰队冒着暴风雨横渡海峡。他们同风浪搏斗了半夜，于四月一日拂晓航行到鹿耳门港外。
郑成功先换乘小船，由鹿耳门登上北线尾，踏看地形，并派出精良的潜水健儿进入台江内海，侦察荷军情况。
在这时候，有一个在荷兰军队里当过翻译的何廷斌，找到郑成功，说：“台湾人民受荷兰人欺侮压迫，早就想反抗了。我有一份大礼送给郑将军！”
说完，何廷斌还送给郑成功一张台湾地图，并把荷兰侵略军的军事布置都告诉了郑成功。
“太好了，本将军收复台湾，朝廷一定会重奖你。”郑成功有了这个可靠的情报，收复台湾的信心就更足了。
荷兰侵略军听说明军要进攻台湾，十分惊慌。他们把军队集中在台湾和台南的赤嵌两座城堡，还在港口沉了好多破船，想阻挡郑成功的舰队登岸。郑成功叫何延斌领航，利用海水涨潮的时机，驶进了鹿耳门，登上台湾岛。
台湾城上的荷军原以为中国舰队必从南航道驶入，忙于用大炮拦截，未料到郑成功却躲开了火力，舰队从鹿耳门驶入台江，在大炮射程之外。
荷兰侵略者面对浩浩荡荡的明军舰队，“骇为兵自天降”，顿时束手无策。明军舰队沿着预先测度好的港路鱼贯而人，切断了台湾城与赤嵌城荷军的联系，迅速于禾寮港登陆，并立即在台江沿岸建立起滩头阵地，准备从侧背进攻赤嵌城。在北线尾登陆的一支明军，驻扎于鹿耳门，以牵制荷兰侵略军兵船，兼防北线尾。
郑成功的军队登陆，包围了赤嵌城荷军，并割断了赤嵌城与台湾城之间的联系。当时，坐镇赤嵌城的荷军司令官描难实叮属下兵力约400人，龟缩在台湾城中的荷兰侵略军长官揆一属下兵力约有1100人，战舰和小船各两只。
荷军兵力虽弱，但气焰嚣张侵略者狂妄叫嚣“二十五个中国人合在一起还比不上一个荷兰兵”，“只要放一阵排枪，打中其中几个人，他们便会吓得四散逃跑，全部瓦解”。
揆一妄图凭借其船坚炮利和城堡坚固，分三路向明军实施反扑：一路分战舰向停泊在台江的中国船只进攻，一路由贝德尔上尉（又名拔鬼子）率兵240人抵抗从北线尾登陆的明军，一路由阿尔多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。
明军从禾寮港登陆扎营后，即遭到赤嵌城荷军的炮击。同时，荷军又放火焚烧马厩、粟仓。郑成功“恐被焚烧粮粟”，派杨英等率军前往看守堵御。
接着，郑成功调整了部署：命令左虎卫王大雄、右虎卫陈蟒率领统船控制鹿耳门海口，以便接应第二梯队登陆；令宣教前镇陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城荷军于腹背受敌的境地，另派兵一部监视台江江面，切断赤嵌城与台湾城的联系，为从海、陆两面打败荷兰侵略军的反扑作好了准备。
四月初三，在北路发生了北线尾陆战。北线尾是一个不到一平方公里的沙洲，南端与台湾城相对，北端临鹿耳门航道。荷军贝德尔上尉趁明军刚刚登陆，率领240名士兵，乘船沿台江岸边急驶北线尾，上岸后即分两路向明军反扑。
贝德尔指挥荷军以12人为一排，疏开战斗队形放排枪，逼近明军。陈泽率大部兵力从正面迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后，夹击荷军。荷兰文献记载：明军“箭如骤雨，连天空似乎都昏黑起来”。
贝德尔发现自己腹背受敌，手足无措。他所指挥的荷军士兵的勇气，这时则完全为恐惧所代替，许多人甚至还没有开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃。明军乘胜猛攻，将荷军“一鼓而歼”，“夷将拔鬼子战死阵中，余夷被杀殆尽”。
南路增援赤嵌城的荷军，也被明军战败。这支200人组成的援军由阿尔多普上尉率领，乘船沿台江南岸驶往赤嵌城，企图为描难实叮解围。郑成功发现后，立即出动“铁人”军还击。他们双手挥舞大刀奋勇向荷军砍去。200名荷军士兵只有60名爬上岸，当即被“铁人”军消灭。阿尔多普率残部逃回台湾城。
阿尔多普出援失败，赤嵌城守敌越发着急。描难实叮派人前往台湾城，要求揆一再派百余人救援赤嵌