另外，李自成在居庸关战败，左良玉利用这个时机收复了湖北西部的荆州、德安、承天，这时左良玉拥有八十万兵力，号称百万，前五营是他的亲兵，后五营是投降过来的士兵。湖广巡抚何腾蛟以及总督袁继咸住在江西，他们都跟左良玉很友好，这一带都宣布效忠明帝朱慈烺。
更重要的是，太子朱慈烺即位后，吴应熊未雨绸缪，让明帝加封左良玉为平南王。
史可法又说，明帝已经派使者到南京，加封黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为四镇军官为伯，他们的子孙世袭官职。
马士英一听，内心的防线彻底奔溃了，自己那五万兵，就算齐心协力，也打不过左良玉，更何况明帝还分化了他的手下，再怎么挣扎也没用了，于是原本一言不发的他，也开始劝福王朱由崧认命，否则自己也保不了他的小命。
朱由崧众叛亲离，欲哭无泪，没有办法，只好宣布取消监国的称号，做回自己的福王，南明朝廷自行解散。
最终，史可法带领在南京的六部大臣北上辅政，南明归心，大明朝的政权重新初定。
新皇朱慈烺决定成立新禁军，从左良玉、马士英、吴三桂、唐通、白广恩、姜襄等各军营中抽精兵三千，一共六万人，交给吴应熊、何承志、满云龙三兄弟训练，拱卫京师。