主政南京之后，吴应熊最关心的还是军事，因为马上要跟满清大战了，军事上做好准备，才能确保江南半壁江山。
吴应熊提拔阎应元为南京兵部侍郎后，便带着他去南京火器局视察。
阎应元的身材高大，双眉卓竖，目细而长曲，面赤有须，颇有云长再生之感。他也是使用大刀，和满云龙跟在吴应熊身后，并不说话。
南京兵器制造局位于南京城的北面，占地百余亩，里面有数十个作坊，这是明太祖朱元璋时期建造，建立的时间比北京的兵器制造局还早，规模也大。
吴应熊此次前去，并没有事先通知南京的工部，而是突然到访视察。此前，他已经将孙和斗、孙和京从京城招来南京兵器制造局当主事，提前来摸底。
吴应熊等人坐一辆八匹大马拉动的豪华马车，走了半个时辰的时间，来到南京兵器制造局的大门口。
“这南京兵器制造局规模比京城的大很多，有五六千人。”孙和斗和孙和京听说吴应熊来了，赶紧带人来迎接，汇报说。
孙和斗和孙和京的年纪比孙和鼎小几岁，但两人都有二十年余年制造兵器的研究经验，都是难得的人才，所以吴应熊对他们很看重。
“带我们进去看看再说吧。”吴应熊点了点头，转而对跟在身后的阎应元和满云龙道：“你们也跟本丞相一同进去看看吧，以后阎侍郎直接管这兵器制造局，多多费心。”
“是，丞相。”阎应元答应得很痛快，跟随在吴应熊身后一同走进南京的兵器制造局。
兵器制造局里面非常宽敞，叮叮当当正在生产刀剑，长枪，弓箭，铠甲，盾牌之类的冷兵器，几个人一起，像是独立的作坊。
吴应熊每视察到一个作坊，里面的诸多工匠便会停下手头的活参拜行礼。一连看了几个作坊，吴应熊问道：“怎么都是冷兵器，洋枪和西洋火炮在哪里生产？”
“回丞相，火枪和大炮的生产作坊都在后面边。”孙和京道。
“过去看看。”吴应熊吩咐道。
来到火器作坊，吴应熊一看，巨大的屋里面，竟然只有寥寥几个人在里面摆弄一些火药，生产大炮的人一个也没看到，所有工作台全都处于停工状态。
“这里的工匠都到哪里去了？”吴应熊很生气，皱着眉头问道。
“回丞相，近年工部的拨款极少，而火枪和大炮等火器造价昂贵，除了一些火药之外，原尚书大人史可法下令停止了火器的生产，工匠们没有事做，又发不上俸禄，那些匠人们都回家去了。”孙和斗解释，南京兵器制造局跟京城火炮厂一样缺少拨款，火枪和大炮等火器做工太过精细，造价又昂贵，才一直没有重新恢复生产。
“原先的火枪和大炮有没有存货？”吴应熊知道南京户部原来的官员都忙着内斗，哪有时间管这里的问道。
“回丞相，我清点了一下，还有三百支火绳枪，十门大炮。”孙和斗道。
“拿火枪来给我看看就行了。”吴应熊吩咐道。
很快，便有一名小管事去仓库取了一支火枪过来，跟吴应熊在京城火炮厂见到的差别不大，整支枪身有四尺多长，大约十几斤重的样子，吴应熊接过枪，递给阎应元，道：“你看看，这枪怎么样。”
阎应元接过火绳枪看了看后，摇了摇头：“这把火绳枪打鸟还差不多。难以上战场。”
吴应熊点点头，对孙和斗说：“孙主事，明日你就按照花名册将南京所有制造火器的工匠全部召集回来吧，火器的生产必须要尽快恢复，管理制度和匠人们的薪水，都按照京城火炮厂的经验来。”
“丞相，工部今年的拨款甚少，火器昂贵，若要恢复生产，需要大量饷银。”孙和斗说，“我以前去找过户部，户部也没钱。”
“这个你不用担心，火器生产的拨款我会从商业税中拨出。”吴应熊道，“以后火器的生产归阎应元的兵部直接管制，不由工部牵制，阎大人多费心。“
“下官领命。”阎应元道。
过来四五天，工匠们被召集回来，南京火器局重新开始恢复生产，阎应元进宫汇报：“火器已经全面停工了近两年，工匠只召回了大约七成，有三千多人。”
“好好干吧。”吴应熊点了点头，能诏回这么多的工匠已经很不错，道：“待火器局恢复生产之后，原先的火绳枪就不要生产了，全力生产最新式的米涅步枪，还有新式野战火炮，不必担心费用问题。”
阎应元道：“卑职领命。”
处理完南京火器局的事，过了一段时间，吴应熊便去视察南京水师。
吴应熊启用郑成功为南京水师提督的战略非常成功，此时的南京水师，在郑氏家族的帮助下，已经初现规模——吴应熊接管江南军政之后，采取以抚为主，以剿为辅的政策，积极招降各地的势力效忠大明；此时，郑芝龙坐拥整个福建，水师又无敌，自然是吴应熊急欲招抚的首要对象，而从郑成功下手，是再合适不过了。
郑芝龙是海寇出身，吴应熊知道他对明朝根本谈不上忠不忠心，郑家有强大的海军，大小战船只三千余艘，麾下包括福建的明军，有十多万人马，整个东南海疆都在其掌控之中，东西往来商船皆要向郑家交保护费，大船过往一次要交三千两；光是收保护费，郑家每年就收入几百万两，可谓是富可敌国。郑芝龙要的只是保住郑氏家族的利益，至于效忠大明，只不过是